O início da colonização de Muniz Freire data de 1846 e teve como primeiros desbravadores o Capitão Machado Santiago Louzada, um veterano da Guerra dos Farrapos, e Domingos Apolinário, um aventureiro que " gostava e lutar com feras" e que possuía terras nas áreas vizinhas, a atual Serra do Apolinário. O município foi criado em 11 de novembro de 1890, pelo Decreto nº 53, desmembrado de Cachoeiro de Itapemirim, sob adenominação de Espírito Santo do Rio Pardo, ocorrendo a sua instalação em 01 de março de 1891.

A Lei nº 213 de 30 de novembro de 1896 eleva sua sede à categoria de cidade e altera-lhe o topônimo para Muniz Freire, uma homenagem prestada ao republicano Moniz Freire, várias vezes Presidente da Assembleia Legislativa, Senador e Governador do Estado do Espírito Santo.

Através da divisão territorial-administrativa de 1933, o município ficou composto de quatro distritos: Muniz Freire, Itaipava,

Conceição do Norte e Vieira Machado. No ano de 1948, ficaram estabelecidos em Decreto-Lei como distritos de Muniz Freire: Itaici (ex-Itaipava), Vieira Machado e Piaçu (ex-Conceição do Norte). Atualmente, existem além desses, o distrito de Menino Jesus e o Distrito de São Pedro, este último criado apenas pela Lei Municipal nº 1.077/89 de 25.05.1989, faltando ainda a demarcação geográfica com seus respectivos limites.

A Sede do município foi área doada por Domingos Apolinário para o primeiro povoado da região, que surgiu por estar no centro das rotas das tropas que transportavam a produção local. Muniz Freire foi colonizada por imigrantes italianos, vindos para substituir o trabalho escravo nas lavouras de café. O maior impulso econômico experimentado no município deveu-se à inauguração da BR-262, ligando Vitória a Belo Horizonte.

Atrativos naturais de Muniz Freire:

• Cachoeira de Mata Pau, que tem extensão de 150 metros e a do Rio Pardo, que tem cerca de 200 metros de altura e abriga a antiga usina hidrelétrica. Cachoeira do Pardo
• Serra do Apolinário, do Valentim e de São Cristóvão oferece paisagens deslumbrantes do Pico da Bandeira e da Pedra Azul.